22 сентября 1788 года российская императрица Екатерина II подписывает именной указ об учреждении Оренбургского Мухаммеданского духовного собрания (ОМДС) в Уфе, а 4 декабря 1789 года происходит торжественное открытие муфтията. Тем самым мусульманское население России обретает официально признанное религиозное руководство, со временем духовное управление превращается в авторитетный духовный центр, объединяющий вокруг себя разбросанных по территории всей империи российских мусульман. Именно с появлением духовного управления на территории России начинается массовое строительство мечетей, открываются медресе. Между тем ОМДС было государственным учреждением, финансировалось из бюджета и контролировало религиозную жизнь повсеместно.

Учреждая подчиненный государству официальный духовный орган мусульман, Екатерина II поставила задачу управления подвластными ей мусульманскими народами России через этот институт при помощи мусульманского духовенства. Сфера влияния Духовного собрания распространялась практически на всю территорию Российской империи, за исключением Крыма и Кавказа. Управление мусульман представляло собой трехступенчатую систему, состоящую из высшего, среднего и низшего звеньев.

Муфтий (от араб. «высказывающий мнение»), глава мусульманского духовенства, высшее духовное лицо, председатель Духовного правления, главный судья, выносящий решения, дающий разъяснения по вопросам применения законов шариата. Муфтий назначался «к должности по представлению министра внутренних дел высочайшей властью», а члены Духовного собрания назначались министром внутренних дел по представлению муфтия. Среднее духовное правление — мухтасибат — создавалось в каждой мусульманской общине, насчитывавшей от 50 до 150 мусульман, состояло из 2-5 членов, возглавлялось председателем — мухтасибом (от араб. «учетчик, контролер»). Связь между мухтасибатом и общиной мусульман осуществлялась муллой, назначаемым после прохождения им испытания и утверждаемым царским указом. Низшее духовное правление — мутаваллиат — состояло из председателя, секретаря, казначея, муллы и муэдзина. В обязанности мутаваллиата входило ведение дел мечети, медресе, наблюдение за исполнением законов шариата. Юрисдикция Духовного собрания распространялась на всю территорию Российской империи за исключением Таврической губернии. Создание же Таврического Духовного управления для крымских татар, намеченное на 1794 год, было учреждено лишь 23 декабря 1831 года указом императора Николая I. Мусульмане, проживавшие на территориях, присоединенных к Российской империи позже (прежде всего, Средней Азии), подчинялись непосредственно Министерству внутренних дел и управлялись посредством местного правления. Видимо, унифицированные принципы управления мусульманами европейской части России не подходили для новых подданных императора. К функциям и полномочиям Духовного собрания можно отнести: — контроль над соответствием применяемых в отношении мусульман законов нормам шариата; — ведение дел «о преступлениях духовных лиц», то есть принятие решений «о мере вины их», если они нарушили свои обязанности, определение «за то взысканий» и передача дел на рассмотрение в светские судебные органы в случае других проступков мулл; — разбор бытовых дел («о супружеских неудовольствиях») — разбор исков по завещаниям и по разделу имущества, «о неповиновении детей родителям, о нарушении супружеской верности»; — осуществление закрепленной в законодательстве практики назначения мулл на должности; — регистрация брака, развода, умерших и родившихся; — осуществление контроля над деятельностью мухтасибатов; — строительство мечетей; — подготовка религиозных деятелей; — оказание благотворительной помощи; — издание периодики и мусульманской литературы. В штате Духовного собрания предполагалось 17 человек, а примерные расходы должны были составить 9100 рублей в год. Помимо самого муфтия, в структуре ОМДС особое место занимал институт кадиев (казыев). Первые кади были назначены еще Умаром ибн аль-Хаттабом в Медине, Басре и Куфе. После этого начались назначения кади в крупные города и области и во время военных походов — в войска. Эти назначения мог делать только халиф. Во второй половине VIII века была учреждена должность верховного кади. Занимающему эту должность было поручено от имени халифа назначать всех кади халифата и принимать апелляции на их решения. В дальнейшем должность кади существовала в ханствах Средней Азии, в Османской империи. При этом выполняемые кади функции были разнообразны. В одних странах кади назначался, а в других избирался муллами или старейшинами. В ОМДС институт кадиев стал выборном органом. Хотя муфтият и размещался в Уфе, по закону трое казыев для работы в нем избирались в Казанской губернии. Процедура избрания казыев была следующей: на уездных собраниях духовенства избирались по два представителя на общегубернский съезд, на котором тайным голосованием избирались по три казыя и кандидата, которые заступали на должность на случай болезни или смерти казыя. Претендент, получивший наибольшее количество голосов, считался старшим казыем, он замещал муфтия на периоды его командировок, болезни или смерти. Эти съезды проходили в Казанской татарской ратуше обычно под председательством авторитетного купца. Одной из основных функций ОМДС было назначение и контроль за деятельностью основного звена мусульманского духовенства — имамов. Мулла со стороны государства предполагался как официальный представитель гражданской власти, чиновник, утверждаемый на должность государством. Действительно, порядок назначения мулл регламентировался законодательством. Для получения свидетельства о назначении муллой претенденту первоначально необходимо было получить согласие прихожан соответствующего прихода. Потом необходимо было пройти испытание в муфтиате на знание обрядов и основ ислама. Только после этого претендент получал назначение в приход. Свидетельство на звание выдавалось в уездном полицейском управлении.

Определяющее значение имела политическая благонадежность мусульманина, а после 1891 г. и обязательное знание им русского языка. Приходское мусульманское духовенство у татар состояло из имам-хатибов, имамов и муэдзинов. Первые из них являлись формальными главами махалли, предстояли в мечети на пятничных и праздничных молитвах, предваряя и завершая их проповедями и наставлениями. В то же время обязанности имам-хатиба немногим отличались от деятельности имамов, которые также руководили коллективными молениями, следили за порядком и состоянием культовых зданий, обучали детей грамоте и основам ислама. Муэдзины, извещавшие правоверных о начале намаза, были помощниками имам-хатибов и имамов в мечети. Приходское духовенство не образовывало привилегированного сословия, однако, регулируя семейно-бытовые и наследственные отношения мусульман, оно имело огромное влияние не только в локальных общинах, но и во всех населенных пунктах с компактным проживанием татарского населения. Важнейшим институтом локальной мусульманской общины были приходское мектебе и медресе, которые не только занимались исламским просвещением и воспитанием, воспроизводством духовенства, но и привлекали в махаллю значительные материальные средства. Среди мусульманского духовенства особое место занимали и ахуны (ахунды). До 1788 года ахуны являлись главами духовенства областей и городских общин, и именно через них царские власти взаимодействовали с имамами. Три первых муфтия ОМДС также ранее были ахунами. Должность ахунов зачастую была связана с конкретным регионом. К 1889 году на территории, находившейся в ведении ОМДС, на 4222 общины имелось 7203 представителей духовенства, в том числе 60 ахунов, 2734 имама-хатыпа, 2621 имам-мударрис (имам мечети, имеющий право преподавать в религиозной школе) и 1873 муэдзина. К этому периоду на территории Российской империи насчитывалось более 6 тыс. мечетей. В 1742 году было лишь 118 мечетей, в 1833 году их стало уже 4785. Первое место по количеству мечетей и мулл занимала Казанская губерния. По данным Духовного собрания, в 1889 году здесь было 845 приходов, а в 1917 году на территории губернии существовало 1152 мечети, в которых работали 2648 мулл.